(一)秘书处
负责全办工作的协调、督查、财务管理、人事、行政管理和后勤保障等工作。协调办机关日常工作，制定机关工作制度并督促、检查和落实；负责全办性会议、重大活动的组织和会议记录、纪要工作，编撰口岸大事记和口岸史志、年鉴工作；负责上级和本办重要文件、会议精神、工作部署、决定、领导批示和交办事项的督办；负责办收发文管理、档案管理、印章使用和管理、机关电子政务建设和电子公文的监控、管理等工作；负责全办保密工作；负责办对外宣传工作；负责办机关组织人事、机构编制、劳动工资工作。包括干部档案管理，干部培训，办管干部的考核、调整、任免管理和出国、离退休审报批等工作；牵头组织实施办岗位目标管理和机关年度考核工作； 负责全办预决算工作；拟制财务管理规章制度并组织实施；负责全办日常财务、固定资产管理工作和办属独立核算单位的财务监督工作；口岸查验机关增加人员编制和办公、生活设施建设等专项资金的审查、报批工作；协调承办人大代表建议、政协委员提案工作；负责办公务接待、行政后勤、车辆管理、安全应急及老干部服务、计划生育、社会治安综合治理等工作；办领导交办的其他工作。
(二)综合业务处
负责全办工作的综合、口岸规划建设管理、法制建设和行政执法监督管理、政务信息、跨区域口岸合作、文明共建、港航后勤服务等工作。负责全办的文字综合、审修工作和牵头组织重大课题的调研；负责办行政立法、行政许可、行政执法监督、行政复议应诉工作，规范性文件备案、规章和规范性文件定期评价和清理工作； 负责口岸政务信息、口岸业务综合统计的收集、整理、分析、审核、上报、反馈及发布工作； 负责组织拟定全市口岸发展规划及开放规划，一、二类口岸和作业点开放或关闭的审查、报批工作；会同有关部门对口岸重大涉外问题和严重违反纪律的情况进行检查,提出处理意见；负责口岸之间业务交流和跨区域口岸合作工作；负责船厂承修外轮和对外供应的审批、管理工作；负责(海、空)国际航行船舶、航行器等交通工具临时进出非开放区域的审核报批工作；牵头做好港航后勤服务工作；负责组织口岸有关单位做好对台宣传和对台客货通航的各项准备工作,配合有关部门做好台湾渔船和渔民在港避风的管理工作；牵头组织开展口岸文明共建活动和口岸社会监工作；承担市口岸工作协调领导小组办公室日常工作；办领导交办的其他工作。
(三)空港口岸管理处
负责空港口岸工作。参与空港口岸的规划及联检配套建设工作;组织督促、检查空港查验单位按各自的职责和规定,做好出入境人员、交通工具、货物和行李物品的检查、检验、检疫工作;负责空港口岸查验制度改革工作;会同有关部门做好国际(地区)空中新航线的开辟工作;协调处理空港口岸工作中的矛盾和问题,对需要裁决的问题提出处理意见;组织空港有关单位做好重大外事接待工作并及时通报重大涉外问题;协助有关部门做好安全和防劫机工作;负责空港口岸的综合统计分析工作;指导和协调空港仓储业管理。
（四）海港口岸管理处
负责海港口岸工作。主持平衡海港口岸的外贸进出口运输工作,督促检查计划的完成情况;协调口岸客货集疏运工作;负责海港口岸的综合统计分析工作;负责海港外贸进口物资的防损验残工作,会同有关单位对港口溢卸货物和无主货物进行调查和处理;指导和协调海港口岸仓储业务工作;组织有关单位处理海港口岸非常事件;协调处理海港口岸工作中的矛盾和问题,对需要裁决的问题提出处理意见;负责国际旅检厅流程的制定、变更和配套设施的督查工作;检查、指导和协调女岛二类口岸的工作;组织协调青岛海港口岸检查检验单位联合办公。
(五)黄岛办事处
负责黄岛前湾港、油港和保税区口岸工作。协调处理前湾港、油港、保税区口岸的集疏运工作,组织路、港、贸的协作配合和组织有关方面签订经济协议;监督检查前湾港、油港、保税区外贸货物的运输、服务工作,协调处理口岸工作中的矛盾和问题,对需要裁决的问题提出处理意见;督促检查前湾港、油港、保税区口岸有关检查检验单位配套设施建设的实施工作;指导前湾港、油港、保税区检查检验单位联合办公;检查、指导和协调灵山船厂和积米崖二类口岸的工作;负责前湾港、油港、保税区口岸的综合统计分析工作。
(六)园区管理处
负责贯彻落实国家有关口岸园区的政策、法规和市委、市政府相关的重大战略部署。负责以保税物流为特色的口岸现代物流业的综合、协调工作，牵头研究制定口岸现代物流发展规划、政策和措施，并组织实施。组织新建口岸园区的申报工作，牵头协调封关验收的各项准备工作。按照国家规定，规划口岸园区查验配套设施建设并组织实施。协调组织驻园区口岸查验单位，对园区进行有效管理与服务，协调解决影响口岸园区运转的有关矛盾和问题，促进实现“有效监管、高效运作”。依据国家口岸园区管理政策，合理配置口岸园区资源，组织实施园区政策试点。组织各类口岸园区重大发展战略问题的调查研究，提出相关对策措施，促进园区健康发展。负责组织协调和推动口岸园区各查验单位与相关企业的文明共建工作。负责口岸园区的信息、统计分析等基础工作。领导交办的其他任务。
（七）机关党委
负责办机关党的建设和思想政治工作，指导下属支部搞好党的思想、组织和作风建设等工作。负责组织贯彻落实党的路线、方针、政策和市委、市直机关工委和办党组的工作部署、指示和要求，制定并实施机关党建和思想政治工作计划；负责督促、检查、落实机关和所属支部党建和思想政治工作责任制；负责办机关政治理论、业务学习和党建、思想政治工作等重大课题调研，制定和督促、检查、落实办政治理论和业务学习计划，不断提高党员队伍思想政治素质；负责对党员教育和管理，落实党内生活制度，开展党员教育活动，构建党员教育、管理、监督和永葆先进性的长效机制；负责对入党积极分子的教育、培养、考察和发展工作；负责开展办机关争先创优活动，会同有关部门检查、督促、落实、考核办年度机关建设工作目标和党员民主评议工作；会同有关部门做好办机关和所属支部的党风廉政建设，抓好党风党纪教育，监督落实党风廉政建设的各项规定；负责办机关精神文明建设，机关有关社会福利、职工困难补助、抚恤等工作，指导机关工会、妇联等工作；负责办机关建设的信息采编、上报和反馈等工作；办党组交办的其他工作。 按规定设置纪检组(挂监察室牌子)。
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